این معاونت در سال ۱۳۸۶ پس از انحلال سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی تاسیس و بخشی از وظایف آن را به عهده گرفت. لازم به توضیح است که مطابق مصوبه شورای عالی اداری بخشی از مابقی وظایف آن سازمان به تفویض شد.